В начале XII века образ Пресвятой Богородицы находился в Смоленске, а при великом князе Василии Дмитриевиче, сыне Дмитрия Донского, оказывается в Москве — в придворной церкви Благовещения. Но смоляне считали эту икону своей драгоценностью и просили великого князя Василия Темного вернуть им святыню. В 1456 году епископ Смоленский Мисаил прибыл с этой просьбой в Москву, и великий князь, посоветовавшись с митрополитом Московским Ионой, согласился. Сцена расставания москвичей со Смоленской иконой Божьей Матери, прославившейся многими чудесами, была очень трогательной. В церкви Благовещения собралась вся великокняжеская семья, даже маленького княжича Андрея принесли на руках. Сам великий князь «многие слезы пролил». С иконы было сделано множество списков, которые впоследствии тоже прославились как чудотворные. Великий князь проводил Смоленскую икону Божьей Матери до монастыря Саввы Освященного, а по другим сведениям — «до церкви Благовещения на Дорогомилове».
В 1514 году произошло долгожданное присоединение Смоленска, 110 лет находившегося под властью католической Литвы, к Русскому государству. В память этого события великий князь московский Василий III, отец Ивана Грозного, и решил основать на юго-западе Москвы женский монастырь. В 1523 году великий князь «идучи на свое дело к Казани», а вернувшись, приступил к возведению монастыря. Строителем его называют итальянского мастера Алевиза, который в начале XVI века построил в Москве еще многие каменные церкви. В 1525 году Новодевичий монастырь воздвигли на месте грустного расставания москвичей со святой Смоленской иконой Божьей Матери, так как в старину путь на Смоленск проходил по Девичьему полю.
Великий князь Василий III и его сын Иван Грозный дали новой обители льготные грамоты и пожертвовали несколько дворцовых сел и деревень. Делали пожертвования и многие бояре, но в 1610 году Новодевичий монастырь разорили и сожгли поляки, однако уже в годы царствования Михаила Федоровича Романова он был восстановлен. В продолжение XVI–XVII веков на монастырском погосте формировался некрополь, где погребали родственников великих царей и церковных деятелей. Самое раннее из сохранившихся надгробий Новодевичьего некрополя — белокаменная плита боярыни Ирины Захарьиной-Юрьевой — датируется 1553 годом. Рядом с ней погребен ее сын Григорий Юрьевич Захарьин — приближенный боярин и воевода царя Василия III, а позже и Ивана Грозного. Здесь же погребена его жена Ульяна. Из этого древнего рода Захарьиных (впоследствии Романовых) была и Анастасия — первая жена Ивана Грозного; первенец этой четы — царевна Анна — умерла в 1555 году.
В Смоленском соборе погребены еще две родственницы Ивана Грозного, бывшие монахинями этой обители: княгиня Ульяна Удельная (из рода Полоцких) и царевна Елена из рода Шереметевых — вдова убитого Иваном Грозным сына Ивана.
И постриг и погребение царских лиц обычно сопровождались богатыми вкладами в монастырь. Так, например, после смерти Елены — «царицы-схимницы Леониды», как ее называли в монастыре, было пожертвовано «на помин ее души» 1000 рублей серебром.
К ранним захоронениям в усыпальнице Смоленского собора относятся и захоронения князей Кубенских. В 1537 году в северной части подклети была погребена княгиня Ульяна Кубенская — племянница великого князя Ивана III, рядом похоронен ее сын Иван, который дважды подвергался ссылке, а в 1546 году был казнен по повелению Ивана Грозного.
В усыпальнице были погребены 9 представителей рода крупнейших феодалов — бывших удельных князей Воротынских. Под двойным надгробием покоятся княгиня Стефанида и княжна Агриппина. Последняя погибла при нашествии на Москву в 1571 году Девлет-Гирея. Это были жена и дочь князя Михаила Воротынского, отличившегося при взятии Казани и разгромившего крымских татар в битве при Лопасне в 1572 году. Здесь же похоронены жена и дочь князя Ивана Михайловича Воротынского — сына знаменитого воеводы, а также семья последнего представителя этого рода — князя Ивана Алексеевича Воротынского, двоюродного брата царя Алексея Михайловича. На протяжении XVI–XVII веков князья Воротынские были одними из самых богатых вкладчиков монастыря. Пожертвования их «на помин души» состояли из крупных денежных сумм, драгоценной утвари и облачений, четырех больших колоколов, резной с ни для алтаря и др.
Надгробные памятники XVI века представляют собой белокаменные прямоугольные плиты с врезными надписями на верхней плоскости. Некоторые из них имеют расширение к изголовью. На надгробии Ульяны Захарьиной декоративные элементы в виде рамки и тяг с клеймами выполнены треугольно-выямчатым орнаментом. Четыре плиты (И. Захарьиной-Юрьевой, Г. Захарьина, У. Кубенской и И. Кубенского) имеют необычную форму вытянутого бруска. Этот уникальный тип надгробий известен только здесь.
Из рода Годуновых в подклети собора похоронена неизвестная схимница Анфиса, после смерти которой монастырь получил богатый вклад — «триста рублей, образ, украшенный жемчугом, кадило серебряное, стихарь золотный, всего на 400 рублей». Надгробие схимонахини представляет собой новый тип надгробий, который к середине XVIII века был принят уже как основной: плита становится крупнее и приобретает форму трапеции с расширением к изголовью.
Наиболее совершенное надгробие — белокаменная плита княгини Федосьи Голицыной, умершей в 1655 году. Крупная трапециевидная плита, кроме надписи и орнаментальной рамки, сверху и на боковых вертикальных гранях имеет декоративную резную полосу. Надпись выполнена очень тщательно и красиво:
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144 145 146 147 148 149 150 151 152 153 154 155 156 157 158 159 160 161 162 163 164 165 166 167 168 169 170 171